Perubahan sosial dan budaya yang demikian cepat merupakan tantangan yang harus direspons oleh dunia pendidikan. Terlebih lagi pendidikan tinggi keagamaan yang memiliki perhatian serius terhadap isu sosial keagamaan yang sangat dinamis. Tanpa respons dan upaya yang sistematis, berbagai macam tantangan baik di tingkat nasional maupun global akan meluluhlantahkan sendi-sendi kehidupan berbangsa dan bernegara yang telah dibangun oleh para founding fathers and mothers. Islam Nusantara yang digelorakan oleh Pengurus Besar Nahdlatul Ulama (PBNU) sebagai strategi kebudayaan memerlukan wadah dan laboratorium yang berfungsi menggali khazanah serta menguji konsep-konsep sosial-keagamaan dalam kerangka pikir akademik yang menjunjung tinggi etos intelektualisme.Atas dasar itulah pendidikan Pascasarjana Program Magister (Sekarang menjadi Prodi Magister Sejarah Peradaban Islam dalam naungan Fakultas Islam Nusantara) menjadi suatu ikhtiar penting bagi pengembangan kajian serta penelitian Islam dan kebudayaan Nusantara dalam upaya memperkuat jati diri bangsa dan mengukuhkan semangat Islam Kebangsaan. Dengan bekal izin operasional dari Kementerian Agama Republik Indonesia yang dituangkan dalam SK. Direktur Jenderal Pendidikan Islam No. 2774/Tahun 2012 tanggal 14 Desember 2012, Pascasarjana Program Magister (Sekarang menjadi Prodi Magister Sejarah Peradaban Islam dalam naungan Fakultas Islam Nusantara) bertekad menjadi lembaga pendidikan tinggi yang berkomitmen mengembangkan kajian Islam Indonesia dengan pendekatan sejarah dan budaya dalam bingkai bangunan keilmuan Islam Nusantara.
Menjadi Pascasarjana Program Magister yang unggul dan terkemuka pada tingkat nasional di tahun 2023 dalam pengintegrasian dan pengembangan studi keislaman dan keilmuan sosial-humaniora bagi kemajuan peradaban bangsa.
