Fakultas Islam Nusantara adalah salah satu fakultas di UNUSIA Jakarta yang memiliki tiga program studi yiatu S1 Sejarah Peradaban Islam, S2 Sejarah Peradaban Islam, dan S3 Sejarah Peradaban Islam, yang memiliki konsentrasi Islam Nusantara.
Menjadi fakultas islam nusantara yang unggul dan berkarakter Aswaja An Nahdliyah yang menggali aspek sejarah, budaya, khazanah, dan nilai-nilai Islam di Nusantara.
a. Menghasilkan lulusan yang unggul, handal dan profesional.
b. Menghasilkan lulusan yang berfikiran terbuka dan menguasai basis keilmuannya.
c. Memproduksi penelitian-penelitian akademik tentang keislaman dan ilmu sosial humaniora.
d. Meningkatnya pengetahuan dan kompetensi studi Islam dan sosial humaniora yang berdasarkan kerangka pikir Islam Nusantara.
e. Terciptanya interaksi dan hubungan saling menguntungkan pada bidang akademik dan pengabdian masyarakat yang bermanfaat bagi lulusan dan pengelola universitas.